Niente da fare: dopo oltre un'ora di scansione la situazione non è cambiata.
Così ho seguito la procedura del link di cui sopra: ho individuato la chiave di registro HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CURRENTCONTROLSET\CONTROL\SESSION MANAGER, ho aperto la chiave BOOTEXECUTE e sostituito AUTOCHECK AUTOCHK * con AUTOCHECK AUTOCHK /K:x* dove x è la lettera che individua il disco. Ho riavviato il PC e stavolta non è comparso il messaggio di cui sopra.
Controllo in corso del file system su C:
Il file system è di tipo NTFS